继续延续上一季的剧情，原来穆德受了骗，及时发觉错误后和史考莉串通好来骗政府高层，以潜入一个“作为一个普通FBI特别探员不该进入的地方”搜集需要的资料。本季发展越来越精彩，一些没有被完全改造的混血外星人联合起来抵抗殖民阴谋。史考莉被绑架时子宫被移除，但今年却出现了她的孩子——艾蜜莉。今年制作小组甚至找了两位知名科幻小说家操笔，客串写出两集剧本。另外今年也有一集喜剧。整出X档案为了配合电影的上映，加入了一些角色及内容，“辛迪加”组织的阴谋越来越明显，穆德再一次接近事实的真相。穆德前女友的出现也对穆德与史考莉间的关系做出重大考验。该季结束于吸烟人烧毁了所有X档案卷宗。
演员：莉顿·梅斯特 卢克·库克 克兰西·布朗 德文·特雷尔 Scott Lee William McKenna 莎米塔·斯瓦 Blazey Best Grace Chow 菲利帕·诺斯伊斯特 珍妮特·克罗宁 泰勒·科宾 林肯·刘易斯 克里斯托弗·卡比 摩根·格莉芬 Paul Tassone Rachel Quaintance Phil Lloyd Vanessa Moltzen 克里斯·阿洛西奥
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演员：凯莉·库柯 克里斯·梅西纳 丽亚娜·莱伯拉托 汤姆·巴特曼 普里西拉·昆塔纳 布兰登基纳 贝尔蒙特·卡梅利 丽兹·布罗德威 伊冯娜·塞纳特·琼斯 迈尔斯·穆森登 娜塔莉·戴尔 安娜贝尔·德克斯特-琼斯 李丽君 亚历克斯·阿洛马尔·阿克波博姆 艾梅伯·马丁内斯 艾莎·阿尔法 鲍勃·洪诺 吉尔勒法 艾文·罗斯
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演员：丹尼尔·鲍德温 理查德·贝尔泽 安德鲁·布劳尔 克拉克·约翰森 亚非特·科托 梅丽莎·里奥 乔·鲍里托 凯尔·赛科特 尼德·巴蒂 罗宾·威廉姆斯 杰克·吉伦哈尔 朱丽安娜·玛格丽丝
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